Základní léčbou průjmového onemocnění je zamezení odvodnění organismu, které může být nebezpečné zejména pro funkci ledvin, ale i jiných orgánů.
Čím je dítě menší, tím je více ohroženo akutním průjmovým onemocněním. Kojenec se mnohem rychleji odvodní než větší dítě a dospělý pacient. Léčba je proto založena na rychlé náhradě ztrát vody a minerálů a na včasném podání výživy ve formě dobře snášených potravin.
Akutní průjmová onemocnění v naší zemi probíhají obvykle velmi lehce a naprostá většina z nich je řešitelná ambulantně pod dohledem lékaře. Léčba je volena dle stavu zavodnění dítěte (resp. míry jeho odvodnění). Závažně probíhající onemocnění s těžkým stupněm odvodnění je nutné vždy léčit v nemocnici.
V případě, že dítě při průjmovém onemocnění i zvrací, bývá přijímáno do nemocnice dříve a častěji než dítě, u kterého převládá průjem. Akutní průjmová onemocnění kojenců a batolat mají být vždy posouzena lékařem, stejně jako závažněji probíhající onemocnění u starších dětí. Lékař zhodnotí stupeň odvodnění a celkový stav pacienta.